Kafeini kimin bulduğu tam olarak belirsizdir, çünkü kafein doğal olarak bitkilerde bulunur ve binlerce yıl önce farklı kültürlerde kullanılmıştır. Ancak kafeinin modern izolasyonu ve anlaşılması konusundaki çalışmalar 19. yüzyılda yoğunlaştı.
Kafeinin izolasyonunda önemli bir isim Alman kimyager Friedrich Ferdinand Runge'dir. 1819'da Runge, kahve çekirdeklerinden kafeini izole etti ve bu kimyasalın uyarıcı etkilere sahip olduğunu keşfetti. Daha sonra diğer bilim insanları, kafeinin yapısını ve etkilerini daha iyi anlamak için çalışmalarını sürdürdü.
Kafein, doğal olarak kahve çekirdeklerinde, çay yapraklarında, kakao çekirdeklerinde ve diğer bitkilerde bulunan bir alkaloiddir. Günümüzde, kafein birçok içecekte, özellikle kahve ve çayda bulunur ve uyarıcı etkileri nedeniyle dünya genelinde yaygın bir şekilde tüketilir.