Babalar Günü'nün kökeni, 20. yüzyılın başlarına dayanmaktadır ve farklı ülkelerde farklı tarihlerde ortaya çıkmıştır. Babalar Günü'nün ilk kutlandığı yerlerden biri Amerika Birleşik Devletleri'dir.
Babalar Günü'nün Amerika Birleşik Devletleri'ndeki kökeni, 20. yüzyılın başlarına kadar gitmektedir. Bu özel günün oluşumunda Anna Jarvis tarafından başlatılan Anneler Günü'nün etkisi büyük olmuştur. Anna Jarvis, Anneler Günü'nü annesine olan sevgisini ve saygısını ifade etmek için bir fırsat olarak görmüş ve 1908 yılında ilk Anneler Günü'nü kutlamıştır.
Babalar Günü ise biraz daha farklı bir tarihsel geçmişe sahiptir. Babalar Günü'nün ilk kez resmi olarak kutlandığı yer, Spokane, Washington eyaleti, Amerika Birleşik Devletleri'dir. Spokane'da yerel bir kadın olan Sonora Smart Dodd, babasının tek başına altı çocuğunu büyüttüğünü ve bunun gibi babalara bir gün ayrılması gerektiğini düşünmüş ve 1910 yılında ilk Babalar Günü'nü kutlamayı önermiştir. İlk olarak Babalar Günü, 19 Haziran 1910 tarihinde Spokane'da kutlandı.
Ancak, Babalar Günü'nün ulusal bir tatil olarak kabul edilmesi ve resmi olarak kutlanması daha uzun bir süre aldı. Amerika Birleşik Devletleri'nde Babalar Günü, 1972 yılında başkanlık kararıyla resmi bir tatil olarak kabul edildi ve her yıl Haziran ayının üçüncü Pazar günü kutlanmaya başlandı. Diğer ülkelerde ise farklı tarihlerde ve farklı geleneklerle kutlanmaktadır.