Tarihte aşı konusunda ilk uygulamanın, MÖ 590 yılında Çin'de, Sung Hanedanı döneminde çiçek hastalığından korunmak için ciltteki iltihaplı maddenin sağlıklı kişilerin burnunun içine verilmesi olduğu bilinmektedir. Sistemli aşılama ise ilk kez yine çiçek hastalığına karşı olmak üzere 1796 yılında Edward Jenner tarafından başlatılmıştır. Aşılama ile ilgili ayrıntılı bilgiler Jenner'den yüz yıl kadar sonra, Pasteur tarafından elde edilmiştir. Bu bilim insanı enfeksiyon hastalıklarının kaynağının mikroplar olduğunu keşfetmiştir.